नेकपा एमालेको समानुपातिक सूची पनि विवादमा परेको छ । एमालेले नेपालमा क्रिश्चियन धर्मको वकालत गर्ने एकनाथ ढकाललाई समानुपातिकबाट सांसद बनाएको छ ।
एमालेमा ढकालको योगदानको बारेमा प्रश्न उठाउदै आम कार्यकर्ताले पार्टीले गरेको निर्णयप्रति असन्तुष्टि व्यक्त गरेका छन् । त्यस्तै एमालेको समानुपातिक सूचीमा महासचिव शंकर पोखरेलकी बहिनि मेनुका कुमारी पोखरेललाई राखिनुलाई पनि एमालेमा पनि कांग्रेसमा जस्तै नातावाद हावी भएको रुपमा लिइएको छ ।
एमालेले समानुपातिकमा ३४ जना मध्ये सुदूरपश्चिमबाट केवल एक जनालाई समेटेको छ । प्रत्यक्षतर्फ पनि सुदूरपश्चिममा यस पटक असफल भएको एमालेले समानुपातिकमा पनि एक जना बाजुराका दयाल बहादुर शाहीलाई खस आर्यबाट सांसद बनाएको छ ।